一个16岁的男孩和13岁的女孩有两次性行为，会被

会被判刑，具体年限需法院判定。依据《刑法》，奸淫不满十四周岁的幼女，以强奸论，从重处罚。若不及时处理，可能对女孩造成长期心理创伤，影响其身心健康。
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常见处理方式为接受法律制裁。因涉及未成年人，建议尽快联系律师，了解具体法律后果，并考虑对女孩进行赔偿和心理疏导。选择处理方式时，需权衡法律后果与社会影响。
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会判刑。处理方式：1.立即停止违法行为；2.主动投案自首，争取从宽处理；3.聘请律师，了解法律后果；4.对女孩及其家属进行赔偿，并寻求心理疏导帮助；5.配合司法机关调查，如实供述罪行。